随着基因芯片业务的开展和高通量测序平台的建立，实验中发生了海量数据和信息，对于这些数据的存储、整理和分析依赖于高性能的计算机系统。目前公司（中心）搭建浪潮TS10000高性能运算集群平台，共由20个节点和1个存储构成，储存能力达到150TB，计算能力跨越1.8亿次每秒以上，软件系统采用商业化和自主开发相结合的方式。自主开发的芯片数据分析系统包括mRNA表达谱、SNP分析、甲基化分析、ChIP-chip、CGH、exon、miRNA表达谱，可以根据实验目的选择合适的分析方法进行数据分析。建立了定制芯片流程以及功能注释流程、文献挖掘流程、时间序列数据分析流程、医用统计学分析流程（生存分析等）、表达谱数据质量控制（MAQC）。面向SBC客户的数据在线分析系统（SBC Analysis System，SAS系统），是基于R语言(R-software)的程序包，可以完成大部分表达谱分析运算，帮助客户进行芯片数据分析，揭示生物学意义。对高通量测序平台产出的数据，在商业化软件、开源软件或者ABI、Illumina、Roche公司提供的前期分析软件的基础上，建立了RNA表达、small RNA表达、SNP、CNV、ChIP-seq等测序分析Pipeline。

       另外，围绕各类高通量检测平台，特别是基因芯片和新一代测序平台，的信息化管理和生物信息分析需求，我们开发了具有自主知识产权的ArrayLIMS系统，该系统是一个能够对基因芯片生命周期全过程所发生的各种数据全程监控管理的体系，主要包括实验数据收集、处理、实验室信息管理、生物信息分析等从而形成了一套较为完整的信息平台。2009年以来，为适应日益增长的国际医药外包研发服务和内部实验室的标准化管理，我们开发了GLP信息系统，主要包括合同管理、样品管理、项目管理、库存管理、数据管理及人力资源管理等模块。